1922年8月，孙中山谋划的北伐再次因陈炯明的“反叛”而失利，并被逼离粤赴沪。尽管在西南屡不得志，但孙中山以为革新之底子办法，“必在吾人稍有凭仗，乃能有所办法”，“欲得凭仗，则非康复广东不行”。

  同年12月，在孙中山的运动下，以杨希闵、刘震寰之滇桂军为主力的西南各路“讨贼军”联合征伐陈炯明。次年1月，陈炯明通电下野，讨陈军进占广州，旋即以勤王之师的姿势，约请孙中山等护法名人联袂返粤。2月下旬，孙中山重返广州，随即安排树立大元帅大本营。

  大元帅府树立伊始，境况即适当困难。一方面，直系曹吴政权派人赴粤“犒劳”“讨贼”各军，妄图再次干预广东。另一方面，“讨贼”各军之间敌对重重，特别是主客军敌对日益尖利，在广州产生了所谓“江防事故”。

  ”其时，在广州革新政府旗号下的戎行有八万余人，除粤军外，滇、桂、湘、豫、赣等外省客军总数在五万以上，人多且本质杂乱。特别杨希闵、刘震寰之滇桂军更是嚣张，不听号令，切割地盘，强占税收，简直无视大元帅府的存在。而许崇智为首的粤军虽亦有二万八千之多，但号令纷歧、战斗力弱，无济于全局。

  因而，困于广东各政派军阀的掣肘，孙中山自始即期望能够通过整理内部，共同西南各方，“以广东为榜样，共同西南；以西南为榜样，共同我国”。因而，在组成大元帅府后，孙中山的首要方针就是领导“讨贼”各军，稳固和扩展革新根据地。

  孙中山回粤之初，为抗衡北方曹吴政权的武力共同，一度提出“平和共同”方针，建议“先平南然后始能够对北”。因之，孙中山返粤不久即宣布谈话，表明“愿以平和之办法，力谋我国之共同”，但北方如以武力对待西南，则以全力反抗，绝不退让。尽管北京政府一度表明呼应孙中山的召唤，南北两边也为完成“平和共同”进行了触摸和商洽，但两边的武装抵触一直未曾中止，特别是直系操控的北京政府也未因而而抛弃“武力共同”方针，反而是赶紧浸透西南。

  大元帅府树立不久，北京政府即录用沈鸿英为广东军务督理，为其供给饷械，并拟派两旅参战帮忙。1923年4月，沈鸿英兵分三路进攻广州，大元帅府面对严峻的军事危机。此次沈鸿英“暴乱”不仅是南北抵触再次开端，也是西南内部与政学系第2次决裂的体现。此外，陈炯明部退出广州后实力仍在，继续一触即发广东东江一带，成为一把悬在大元帅贵寓的“达摩克利斯之剑”。

  为稳固广东革新根据地和抵抗北洋曹吴政权的武力共同，大元帅府活跃联络西南各方“讨贼”。当此之时，四川内战复起，并开展为南北两边抢夺的重要战场。辛亥革新后，四川渐呈南北各派、主客各军及新旧川军等各方杂处混战的局势，各军政实力之间的聚散聚散变幻无常。

  在四川的力气亦分化为以熊克武、但懋辛为首的“九人团”和以谢持、杨庶堪为中心的“实业团”两大派系，1920年前后两边更是兵戎相见。

  终究，孙中山所支撑的杨庶堪等人失势离川，熊克武则凭仗其军事本钱继续在四川开展，但也因而与孙中山所代表的中心层逐步疏远，一度与孙中山等人形同敌对。尔后，熊克武一度高唱联省自治，对南北两边均敷衍了事。

  1923年头，四川内战产生，为北京政府干预四川供给了机遇。在吴佩孚的支撑下，杨森、刘存厚、邓锡侯、刘湘等部通电征伐熊克武、但懋辛等人，并向但懋辛的榜首军、刘成勋的第全军及川北边防军赖心辉、川东边防军石青阳等部开战。

  吴佩孚随后更是安排陕、甘、鄂、黔等省援川军，以王汝勤为鄂西总司令、卢金山为总指挥，刘镇华为陕边总司令、吴新田为总指挥，孔繁锦为甘边总司令，袁祖铭为黔边总司令，在四川周边摆开合围之势，再次进图四川。

  在此形式下，大元帅府以直系方面仍继续推广武力共同方针，且有“吞并西南，糟蹋民治之野心，乏平和之诚心”，呼吁西南各方联合抵抗吴佩孚实力入川，重振北伐旗鼓。1923年3月中旬，在石青阳等的联络下，孙中山与滇川黔湘各省要人唐继尧、熊克武、刘成勋、刘显世、赵恒惕等人通电，表明西南五省“首领”“决以推诚相见，共议图存，弃前事之小嫌，开新元之结合……其他省有被直系蹂躏，愿同心敌忾者，文等为之敬执鞭弭，所不辞也”。

  尔后，大元帅府进一步差遣军事特派员赴川联络军事。在孙中山看来：“川军因内讧过深，即引吴者亦非本怀，此刻已渐酝酿逐吴之谋，顷已派人前往开说，大要不至无望。反吴戎行如熊、但、石、汤诸人，尚余军额三四万，足以一战。其中立诸军，仍可望结合。”

  据此，大元帅府通令征伐曹锟，南北两边的坚持走向揭露化。为抵抗直系的军事南下，大元帅府采取了一系列军事布置，着手北伐。孙中山在赶紧与奉系联络的一起，建议广东方面以谭延闿、朱培德别离回师湘、赣，以操控直系吴佩孚的力气，并为此催促朱培德部提前班师江西，以开北伐之先声。

  6月，直系逼走总统黎元洪，赶紧贿选总统职位，一起布置军事南征。对此，大元帅府揭露责备北京政府无意和谈，直系军阀“乱闽祸川扰粤，以及种种举动，无一不与平和为敌”。7月中旬，孙中山录用谭延闿为湖南省省长兼“讨贼”湘军总司令，蔡钜猷、陈渠珍、鲁涤相等人为湖南“讨贼军”各军军长，进军湖南，意图推翻吴佩孚支撑的湖南主政者赵恒惕，湖南谭赵之战旋即打响。

  广西方面，大元帅府则通过支撑黄绍竑的广西“讨贼军”与李宗仁的定桂军，与陆荣廷、沈鸿英等旧桂系构成坚持之局。湖北方面，大元帅府亦派出军事代表前往联络，召唤全国共同征伐曹吴。在此布景下，四川内战开展演化为南北坚持的重要一环。

  四川方面，孙中山6月初正式录用熊克武为川军“讨贼军”总司令，刘成勋为四川省省长兼川军总司令，赖星辉为川军“讨贼”总指挥，四川“讨贼”各军统归熊克武操控。熊克武旋即联合石青阳统率的川东边防“讨贼军”及旧川军刘成勋部，与北洋政权所支撑的杨森、刘湘、袁祖铭等部打开争战。战事开端不久，熊克武带领的四川“讨贼军”迅即光复成都。

  孙中山旋即训勉“讨贼军”各将领协力同心，迅率所部“扫清残寇，奠定川局，然后会师东下，申讨国贼”。熊克武奉令后向孙中山表明将率四川“讨贼军”长驱东路，直取重庆，消灭北洋军主力，然后“进图荆宜，会师武汉”，一起恳求孙中山训令“同志各省”，共同出动戎行“讨贼”。

  7月，熊克武宣告奉大元帅府之命兴师“讨贼”，责备曹锟、吴佩孚假借中心名号，“损坏纪纲，侮辱国体”。7月底，熊克武正式通电就任“讨贼军”总司令，以吕超为“讨贼军”榜首军军长，石青阳为“讨贼军”第全军军长，连同但懋辛的川军榜首军，共三个军，并宣告“讨贼”公告，指称川中历年事故，无不与全局相关，推其乱源，“则曹锟吴佩孚诸人，实尸其咎”，“西南诸省，夙以保证共和为职志，而建议联省自治……总归，保卫川省，即所以屏障西南；澄清渝夔，即能够进窥武汉”。

  尔后，熊克武又联同川军各将领宣告通电，指称曹锟与吴佩孚“暴戾咨睢，操纵魁柄，阻兵怙乱，贻祸家邦，前经川省各将领申罪致讨，近且明火执仗，实践夺取，迭接遍地文电，罪行昭著。似此狐埋狐搰，恣意废立，宁独损坏纪纲，实已侮辱国体，应请全国共同，共张挞伐，同申正气，并速安排合法政府，用维国本，庶不致因一隅之政变，影响及于国家之庄严也”。

  11月底，广州大元帅府方面又宣告吕超、石青阳别离为四川榜首、第全军总司令，汤子模为四川“讨贼军”师长，贺龙为“讨贼军”混成旅旅长。在南北两边的布置下，川战开展成为“南北政府抢夺四川的终究决战”。

  尽管孙中山以为“联合西南，必联其当道”，但大元帅府方面对熊克武并不彻底信赖。联合不久，大元帅府秘书长杨庶堪在向孙中山呈报时局定见时建议孙中山北伐举动宜从头规划，在四川方面改以石青阳为基干力气。明显，碍于前史的过节，广州的人对熊部川军仍存嫌隙。别的，熊克武虽名义上承受孙中山的录用，亦非“纯属中山”。

  四川战事方面，熊克武统率的“讨贼军”起先势不行当，一度向东占领重庆，打败北军及其所支撑的刘湘、杨森等部。但随着内部日益割裂、隔膜，加之对手强力反扑，“讨贼军”节节溃退。大元帅府所谋划的各路北伐亦因吴佩孚派兵沿粤汉、株萍铁路进驻常德、长沙等地反扑而受挫。

  此外，一触即发广东东江的陈炯明部复图广州，谭延闿等部1923年11月回师救粤，退出湖南。福建方面，大元帅府原拟以东路“讨贼军”何成濬部与皖系的臧致平协作，据守闽南，但以闽固粤的方案亦被逼抛弃，福建为直系孙传芳操控。

  在各路“讨贼军”纷繁受挫的情况下，四川“讨贼军”亦无力支撑。1924年头，熊克武致电孙中山请辞四川“讨贼军”总司令职务。对此，孙中山一度令湖北“讨贼军”总司令孔庚率部帮助熊克武：“现在川战方急，寇焰滋张……务即淬励部下，会集川军早定川局，进规武汉。”4月，熊克武部“讨贼军”几度联合滇军胡若愚、黔军周西成等部妄图反扑，但均以失利告终。

  终究在贵州刘显世的收容下，熊部川军退入贵州东北部的遵义、铜仁一带休整。退入贵州后，熊克武即差遣所部榜首军军长但懋辛赴昆明、广州与唐继尧、孙中山接洽出路问题，遗缺由师长余际唐接任，而第全军军长石青阳亦被所部师长汤子模钳制离部。

  尽管西南的“讨贼”再次以失利告终，但以孙中山为中心的人在西南甚至全国仍占有无足轻重之位置。

  在熊部四川“讨贼军”溃退贵州之际，西南各省的军政格式也产生重组。唐继尧使用袁祖铭以黔边总司令身份率部参加四川内战的机遇，安排滇黔联军搀扶逃亡昆明的刘显世复位。

  滇黔联军重夺贵州政权后，刘显世出任贵州省省长，唐继虞出任贵州军务善后督办，贵州再次成为滇军的附庸。尔后，唐继尧一面以“联省自治”为名，稳固对云南的操控，一面妄图重温“大云南主义”，乘机向川、黔、桂等西南各省扩张。

  湖南边面，1923年谭（延闿）、赵（恒惕）之战后，凭借吴佩孚之力的赵恒惕操控了除湘西之外的湖南全境，倒向直系倾向渐显。尔后，赵恒惕虽名义上仍归属南边阵营，但某一些程度上已成为直系的附庸，“每以鄂为后援，鄂亦以赵为屏蔽”。

  广西方面，以李宗仁、黄绍竑为代表的新桂系逐步兴起，与陆荣廷、沈鸿英等老桂系竞逐广西政权。广东方面，通过与浙、奉等各方的接洽，以孙中山为中心的广州政权与皖系、奉系之间的反直三角同盟大为前进，大元帅府方面再次谋划北伐。

  1924年2月，孙中山向友人泄漏北伐军事业已准备就绪，拟先自梅岭进湖南，再降服湖北，以把握长江之纽带。两湖下后，再分军为二，一部入赣，一部入豫。

  1924年9月初，直皖之间的江浙战役迸发，引起反直各方的巨大反响，国内政局猛然严重。粤、皖、奉反直“三角同盟”各方实践前约，着手采取反直军事举动。

  9月4日，孙中山举行北伐第五次军事会议，令全部滇、桂、湘、豫、赣、山、陕各军一概班师北伐，录用谭延闿为北伐军总司令，并安排北伐准备处，一起将大本营移驻韶关，支援浙江卢永祥。

  为发动各部北伐，大元帅府指示各部称战事将由东南渐及于东北，因曹锟贿选所酝酿的大战将一发而不行遏，且浙江、上海为广东之藩篱，“倘若曹、吴达到意图志于浙江、上海，则广东将有噬脐之祸，故救浙江、上海亦即以存粤”。因而，有必要兴师北伐，“北向讨贼”。5日，孙中山宣布讨贼宣言。

  稍后，孙中山进一步通电全国，表明将躬率师旅，与卢永祥共同征伐曹锟和吴佩孚。12日，大元帅府宣布公告，声讨直系“以武力共同，叛国干纪，侵扰闽粤，蹂躏川湘，抗奉天入关之师，以成不合法贿选之罪，近复无故称兵犯浙，苛虐东南，宇内骚然”，将本吊民伐罪之志，奖率全军，共张北伐。13日，孙中山决议动身前哨督师北伐，令大本营总参议胡汉民留守广东，代行大元帅职权。

  是时，熊克武部也在活跃与西南各方联络接洽以谋出路。但懋辛、石青阳在脱离四川“讨贼军”后，即衔熊克武之命转赴云、贵、粤等各省与唐继尧、孙中山、林虎、陈炯明等接洽，“力谋西南联合”，凭借各方力气再次返川。9月初，但懋辛等人在运动唐继尧、刘显世与熊克武共组三省联军初获成功后，又以川、滇、黔三省代表的名义抵达广州，进一步追求西南的大“联合”，得到大元帅府的必定与支撑。是时，孙中山已决议呼应卢永祥，准备北伐，捐弃前嫌，再度与熊克武等西南各方联手。

  9月中旬，孙中山宣布讲线年来，“作事一直不离革新这条路的，还只有西南几省；可是这几省互相都是不联络，所以至今仍是不成功。现在石但二君想联络西南各省共同对北，这次到广东来，恰恰遇到了一个好机遇。这个机遇，就是江浙现已动兵，奉天的戎行不久也要入关，一定要大有战役”。

  孙中山建议使用此次机遇，西南共同北伐，会师武汉。但懋辛等人的建议与孙中山的建议不约而同。但懋辛等人随即衔命赴滇，力促西南的大联合。孙中山为促进西南的联合，亦迭电唐继尧，许以大元帅府副元帅及川滇黔总司令之职，掌管川滇黔联军的北伐举动，以联合西南力气，北伐华夏。与此一起，大元帅府派代表赴贵州与刘显世接洽，促其兴师共讨曹吴。

  在孙中山的推重下，唐继尧尽管谦辞副元帅之职，但许诺“协作”，安排川滇黔建国联军。唐继尧表明协作情绪后，西南的联合快速地开展。9月中旬，在唐继尧的主导下，川滇黔建国联军总司令部在昆明树立，以唐继尧为联军总司令，刘显世为副总司令兼黔军总司令，熊克武为前敌各军总司令兼川军总司令，胡若愚为滇军总司令。

  次月，唐继尧宣布建国联军安排纲要，唐继虞、胡若愚、石青阳、吴醒汉、龙云、何海清、刘显潜、周西成别离任川滇黔联军榜首军到第八军军长。至此，西南的联合北伐开端乐成。

  9月18日，方面宣布《北伐宣言》，正式揭开西南联合北伐的前奏：“此战之意图，不在毁灭曹、吴，尤在曹、吴毁灭之后，永无相同继起之人，以继续对立革新之恶实力。换言之，此战之意图，不仅在推倒军阀，尤在推倒军阀所赖以生存之帝国主义。盖必如是，然后反革新之根株乃得永绝，我国乃能脱离次殖民地之位置，以形成自在独立之国家也。”

  事实上，孙中山此次北伐在某一些程度上是迫于形势的无法之举。大元帅府树立伊始，即处于以一隅之地挡四面之敌的窘境。1924年3月，孙中山在广州对东路“讨贼军”的演说中即揭露声称，“此刻在广东的戎行，有滇军、湘军、豫军、粤军、桂军、赣军、山陕军，总共有六七省的戎行，都来为革新党出力”，但“没有那一种戎行，能够居于革新军的位置”。江浙战役开端后，在论及北伐的必要性时，孙中山直指大元帅府面对的险峻环境，“肘腋之地，伏莽纵横，趁机思逞”，“北江群寇，蜂拥而至，东江叛兵，乘时蠢动，西江南路，亦跳梁并进”。稍后，孙中山在鼓舞蒋介石等人活跃北伐时，也着重称在粤有许多死因，绝无出路，“所以宜速舍去全部，另谋活路。现在之活路，即北伐为最善况”。就此观之，在以北伐求生存上，广州政权与熊部川军实是千篇一律。

  尔后，孙中山矢志备战，声言此次提师北伐，“就是要将西南戎行联合奉浙戎行，打扫旧屋砖瓦残余废物之北洋军阀官僚，以建造新国家”。因而，当留守广州的蒋介石以商团“反叛”，广州形势危急，向孙中山建议先图稳固广州根据地时，孙中山反而要求蒋介石抛弃广州，将黄埔军校之学生、弹药开赴韶关前哨，背注一掷北伐：“然我来韶之始，便有宁弃广州为背水一战之北伐。今兄已觉得广州有如此风险，望即舍去黄埔一孤岛，将全部枪弹并学生一齐速来韶关，为北伐之孤注。此事电到即行，切勿眷恋，盖我必不回救广州也。”

  10月初，为发动各方北伐，大元帅府先后录用谭延闿为建国军北伐总司令，林支宇为赣鄂宣抚使，程潜为建国军攻鄂总司令，孔绍尧为赣南善后委员长。

  10月中旬，大元帅府正式将西南“讨贼”和靖国各军共同改称建国军，“各军有地盘者，称某省建国军总司令；无地盘者，称建国军某省司令”，各部的编制均按原有建制编成。一起，正式录用唐继尧为大元帅府副元帅兼滇川黔建国联军总司令，熊克武为建国川军总司令。

  至此，以江浙战役为关键，在广州大元帅府的召唤和主导下，西南各方再次集合在“北伐”的旗号之下。

  1924年11月10号，孙中山宣布《北上宣言》，承受我国以国民会议处理国务的政治建议，11月15日脱离广州北上商谈国是。

  12月，北伐军在江西遭方本仁部突击受挫，于次年1月3日北伐军总司令部决议将部分戎行调往大岭、南安、南雄一带集结，4日北伐军别离向湘、粵边境撤离，进行整修，至此第2次北伐只好草草了事。